比較演算は、2つの数値間の大小関係を判定し、その結果をフラグで表します。減算命令を使ってフラグを見るのに似た機能ですが、レジスタの内容は変化しません。また、減算を行った場合にはオーバーフローの可能性もありますが、比較演算ではオーバーフローは発生しません。
比較演算命令も加減算命令の場合と同様に、算術的演算と論理的演算、また2語と1語命令があります。